Lincoln Burrows, işlemediği bir suç yüzünden başkanın kardeşini öldürmekle suçlanır ve idam cezasına çarptırılır. Kardeşinin masum olduğuna adı gibi emin olan dahi inşaat mühendisi Michael Scofield, abisini o yüksek güvenlikli hapishaneden çıkarmak için kusursuz bir plan hazırlar. Michael, hapishanenin tüm mimari planını vücuduna devasa bir dövme şeklinde gizlice kazıtır ve banka soygunu süsü vererek abisinin yattığı hapishaneye girmeyi başarır.
İçeri girdikten sonra planı adım adım uygulamaya koyulan Michael; gardiyanlar, psikopat mahkumlar ve hapishane yönetiminin baskısı altında zamana karşı yarışır. Kaçabilmek için içerideki bazı tehlikeli mahkumlarla zoraki ittifaklar kurmak zorunda kalır. Ancak işler sadece içeride değil, dışarıda da karışıktır; çünkü abisine bu tuzağı kuran devletin içindeki çok güçlü ve gizli bir örgüttür.