Düşman Toprakları, Amerikan İç Savaşı’nın ardından öldüğü sanılan bir askerin, yetimhane treniyle batıya gönderilen çocuklarını kurtarmak için atıldığı amansız mücadeleyi konu ediyor.
Jack, savaş bittikten sonra evine döndüğünde acı bir gerçekle karşılaşır. Karısı hastalıktan ölmüş, çocukları ise kimsesiz sanılarak "Yetim Treni" (Orphan Train) ile ülkenin uzak batısındaki yeni ailelerin yanına gönderilmiştir.
Çocuklarının peşini bırakmaya niyeti olmayan Jack, onları geri almak için tehlikeli bir yolculuğa çıkar. Bu yolculukta kendisine eski bir asker arkadaşı, kendi çocuğunu arayan özgürlüğüne kavuşmuş bir köle ve yetenekli Kızılderili nişancılardan oluşan sıra dışı bir grup eşlik eder. Vahşi Batı’nın en tehlikeli topraklarından geçen ekip, hem doğanın zorluklarıyla hem de bölgedeki düşman unsurlarla savaşarak çocukları tren durmadan yetişmeye çalışır.